En sus inicios conocida como «Copa El País», ya que el trofeo fue donado por el Periódico Montevideano del mismo nombre, es jugado por clubes de todos los departamentos del interior desde 1965. Fue ideado por Efraín Martínez Fajardo, periodista del «Diario El País».
En algunas ocasiones la Copa El País sirvió también como fase clasificatoria para la Liguilla Pre Libertadores. En 1993, 1994 y 1996, los mejores equipos clasificaron al Torneo Nacional (previo a la Liguilla Pre Libertadores), y en 1995 y 1997 los finalistas clasificaron directamente a la Liguilla Pre Libertadores. El único equipo del interior que ha jugado por algún torneo de la CONMEBOL fue Porongos de Trinidad, que en 1996 participó de la Copa CONMEBOL 1996.
Hubo dos ediciones que no culminaron: En 1978 sólo se jugaron los Campeonatos Zonales, y los cuatro ganadores clasificaron a la Liga Mayor 1978, torneo del que también participaron equipos de Montevideo. En 1996 sólo se jugó una fase entre 18 equipos, para determinar cuales jugarían el Torneo Nacional de ese año, que clasificó 6 equipos para la Liguilla Pre Libertadores. Los mejores equipos del Interior en esa competencia fueron: River Plate de Rocha y Central de Durazno, que fueron eliminados en la última ronda por Rampla Juniors y Liverpool, respectivamente.
En 1998 se creó el Torneo Mayor de Clubes del Interior, a disputarse entre los 8 primeros de la Copa El País 1997, con la idea de que a partir de ese año los mejores equipos de la Copa ascendieran al Torneo Mayor, estableciendo así una «Primera División» del Fútbol del Interior.
A su vez, esto generaba que aquellos equipos que disputaban el Torneo Mayor no fueran elegibles para jugar en la Copa El País, propiciando que hubieran dos «Campeones del Interior» por año. Esta situación culminó en el año 2001, cuando los dos torneos volvieron a ser uno solo.
Los campeones en esos años del Torneo Mayor fueron: 1998 Bella Vista de Paysandú, 1999 y 2000 Libertad de San Carlos.
Desde el 2004 la OFI comenzó a denominar al torneo como Copa Nacional de Clubes, y a partir de 2005 los equipos que cumplen 100 años están habilitados a participar como invitados.
Clubes campeones:
1965 Atenas
1966 Salto Uruguay
1967 Universal
1968 Universal
1969 Independiente (Trinidad)
1970 San Eugenio
1971 Treinta y Tres (Treinta y Tres)
1972 Estudiantil
1973 Estudiantil
1974 Estudiantil
1975 Atenas
1976 Atenas
1977 Bella Vista (Paysandú)
1978 no culminó
1979 18 de Julio (Colonia 18 de Julio)
1980 River Plate (Florida)
1981 Defensor (Maldonado)
1982 18 de Julio (Fray Bentos)
1983 18 de Julio (Fray Bentos)
1984 Independencia (Paysandú)
1985 Quilmes
1986 Estudiantil
1987 Palermo
1988 Porongos
1989 Palermo
1990 Río Negro (San José)
1991 Fritsa
1992 Punta del Este
1993 Artigas (Melo)
1994 Porongos
1995 Porongos
1996 no culminó
1997 Punta del Este
1998 Libertad (San Carlos)
1999 San Carlos
2000 Ituzaingó
2001 Atenas
2002 Atlético Florida
2003 Wanderers (Artigas)
2004 Wanderers (Artigas)
2005 Wanderers (Artigas)
2006 Libertad (San Carlos)
2007 San Jacinto
2008 Atlético Fernandino
2009 Ferro Carril
2010 Nacional (Nueva Helvecia)
2011 Ferro Carril
2012 Central
2013 San Carlos
2014 Central
2015 Wanderers (Artigas)
2016 18 de Julio (Porvenir)
2017 Central
2018 Bella Vista (Paysandú)
Divisional B (*)
2016 Porongos
2017 Universal
2018 Huracán (Paysandú)
Resumen de Títulos por Club
Atenas 4
Estudiantil 4
Wanderers (Artigas) 4
Central 3
Porongos 3
18 de Julio (Fray Bentos) 2
Ferro Carril 2
Libertad 2
Palermo 2
Punta del Este 2
San Carlos 2
Universal 2
Bella Vista 2
18 de Julio (C. 18 de J.) 1
18 de Julio (Porvenir) 1
Artigas 1
Atlético Fernandino 1
Atlético Florida 1
Defensor 1
Fritsa 1
Independencia 1
Independiente 1
Ituzaingó 1
Nacional (Nueva Helvecia) 1
Quilmes 1
Río Negro 1
River Plate 1
Salto Uruguay 1
San Eugenio 1
San Jacinto 1
Treinta y Tres 1
Divisional B (*)
Porongos 1
Universal 1
Huracán 1
(*) Desde 2016 se reformuló la forma de disputa, estableciendo una Divisional A con los 16 mejores del torneo anterior, y una Divisional B con el resto de los clubes que clasificasen por sus ligas.
En este resumen se contarán únicamente los títulos de la Divisional A.
Resumen de Títulos por Departamento
Maldonado 13
Paysandú 8
San José 6
Artigas 5
Flores 4
Salto 4
Florida 3
Río Negro 2
Rocha 2
Canelones 1
Cerro Largo 1
Colonia 1
Tacuarembó 1
Treinta y Tres 1
Datos: GIEFI