El exarquero fue la primera y única opción de la comisión directiva de José Decurnex.
Es un hombre de la casa y hay una evaluación positiva del paso de Munúa como técnico de la institución. Pese a que no salió campeón uruguayo, hizo jugar muy bien al equipo y tuvo una participación destacada en Copa Libertadores.
De hecho debutó como DT en la institución tras retirarse en junio de 2015.
Tras no conseguir el Torneo Apertura, se dudó de su continuidad.
Sin embargo, siguió ya que su objetivo era la Copa Libertadores. Clasificó a octavos de final de la misma en segundo lugar del grupo, por abajo de Rosario Central,.
En octavos de final superó a Corinthians, 0-0 en Montevideo, 2-2 en Brasil.
En cuartos de final al igualar 1-1 en Montevideo y en Buenos Aires frente a Boca, perdió en la definición por penales.
Coincidentemente Nacional perdió algunos partidos en el torneo local perdiendo el apoyo del presidente de la institución José Luis Rodríguez y renunció al cargo en junio de 2016.
Luego dirigió a Liga de Quito, al Fabril de segunda división en España (ligado al Deportivo La Coruña, y en la última temporada al Cartagena.
Fuente: Subrayado