Tras el quinquenio de Peñarol en 1997 se produjo un quiebre en la estadística, iniciándose en 1998 un período de dominio tricolor en el fútbol local, que se ha extendido por casi dos décadas.
En 1998, con la asunción de una nueva directiva encabezada por Dante Iocco, con Hugo De León como símbolo y líder desde el costado de la cancha y con Ruben Sosa capitaneando al equipo, empezó a escribirse una historia a favor de Nacional. Ese año, el club del Parque logró el objetivo de evitar el sexenio. Al año siguiente el campeón fue Peñarol, pero en la temporada 2000 se iniciaría esta época de pronunciado dominio tricolor, al punto que ha ganado 10 de los últimos 18 Campeonatos Uruguayos, contra 4 de Peñarol, 3 de Danubio y uno de Defensor. De esa decena de conquistas, 9 corresponden al actual siglo, período en el que Nacional ha sumado más títulos (9) que todos los clubes juntos (8).
1ª) 2001 ante Danubio
El primer título del siglo fue el bicampeonato conseguido en 2001, también con De León como DT. Al ganar el Clausura pasó a las finales con Danubio, empatando 2-2 en el Centenario y ganando 2-1 de visitante en el Campus (no fue habilitado Jardines) con goles de Abreu y Gustavo Varela.
2ª) 2002 ante Danubio
Con Carreño de técnico, en 2002 logró el tricampeonato, otra vez en finales con Danubio, a quien derrotó 2-1 en Jardines y 2-1 en el Centenario, anotando esa tarde de coronación Andrés Scotti y el “Chengue” Morales, tras empate parcial de Perrone.
3ª) 2005 sin final
En 2005 se jugó un Uruguayo Especial, a una rueda, similar al actual. Nacional (dirigido por Lasarte) y Defensor igualaron el primer puesto y debían jugar un desempate, pero el violeta decidió no presentarse, en protesta por el arbitraje de Gustavo Méndez en el último partido del tricolor ante Rocha.
4ª) 2006 contra Rocha
Rocha justamente sería protagonista al año siguiente. El equipo del Este ganó el Apertura, Nacional el Clausura y fueron a las finales, donde los de Lasarte ganaron sin problemas: 4-1 en el Sobrero y 2-0 en el Parque Central con goles de Luis Suárez y Sebastián Vázquez.
5ª) 2009 en 5 finales con Defensor
La consagración en el Uruguayo 2009 fue luego de cinco finales ante Defensor, todas en el Centenario. Como el violeta había ganado la Anual, Nacional (con Pelusso de DT) estaba obligado a derrotarlo en la serie de semifinales y lo hizo con dos empates 1-1 y victoria 3-0. Luego, en las finales, ganó 2-1 y 2-1, siendo Victorino y Lodeiro autores de los goles en la noche de la vuelta olímpica.TENEMOS MÁS PARA LEER
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6ª) 2011 contra Defensor
El Uruguayo 2010/11 lo ganó con Carrasco como técnico y venciendo a Defensor 1-0 (gol de Viudez) en única final, ya que había sido 1° en la Anual.
7ª) 2012 otra vez ante Defensor
Al año siguiente volvió a ser 1° en la Anual y por eso pudo ser campeón en única final, otra vez ante Defensor, con gol de Recoba y con Gallardo de entrenador.
8ª) 2015 frente a Peñarol
El título 2014/15 fue con Gutiérrez de técnico y otra vez en una sola final porque había ganado la Anual. La coronación fue ante Peñarol por 3-2, la noche en la que se debió suspender el partido faltando 7 minutos por la lluvia de butacas que caía desde la tribuna aurinegra. Los goles de aquella noche fueron de “Papelito” Fernández, Iván Alonso de penal y el “Colo” Romero en el alargue.
9ª) 2016 ante Boston River
El nuevo título, noveno del siglo, fue en este Uruguayo Especial, con Lasarte de DT y coronándose en el Parque Central en la última fecha, con Boston River de rival.
LOS URUGUAYOS DEL SIGLO XXI
NACIONAL (9)
2001 – 2002 – 2005 – 2005/06 – 2008/09 – 2010/11 – 2011/12 – 2014/15 – 2016
PEÑAROL (4)
2003 – 2009/10 – 2012/13 – 2015/16
DANUBIO (3)
2004 – 2006/07 – 2013/14
DEFENSOR (1)
La República